Theo đó, Nghị định này quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác: Nông nghiệp và phát triển nông thôn, tài nguyên và môi trường, giao thông vận tải, công thương, xây dựng, lao động thương binh và xã hội, tư pháp, sự nghiệp khác. Nghị định này không điều chỉnh đối với các đơn vị sự nghiệp công lập trong các lĩnh vực: Y tế; giáo dục đào tạo; dạy nghề; văn hóa thể thao và du lịch; thông tin truyền thông và báo chí; khoa học và công nghệ.
Nghị định quy định một số cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác như sau:
Tự chủ về thực hiện nhiệm vụ
Hàng năm, đơn vị xây dựng kế hoạch hoạt động cho phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, khả năng của đơn vị theo quy định của pháp luật.
Đơn vị quyết định các biện pháp thực hiện nhiệm vụ theo kế hoạch của đơn vị, kế hoạch của cơ quan cấp trên giao, đảm bảo chất lượng, tiến độ; tham dự đấu thầu cung ứng các dịch vụ sự nghiệp công phù hợp với lĩnh vực chuyên môn của đơn vị được cấp có thẩm quyền giao; liên doanh, liên kết với các tổ chức, cá nhân để hoạt động dịch vụ đáp ứng nhu cầu của xã hội theo quy định của pháp luật.
Tự chủ về tổ chức bộ máy
Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác được quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị không thuộc cơ cấu tổ chức các đơn vị cấu thành theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, khi đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật; xây dựng phương án sắp xếp lại các đơn vị cấu thành trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.
Đối với đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác được Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên: Xây dựng phương án sắp xếp, kiện toàn cơ cấu tổ chức của đơn vị trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.
Tự chủ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư
Nguồn tài chính của đơn vị: Nguồn thu từ hoạt động dịch vụ sự nghiệp công trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác; Nguồn ngân sách nhà nước đặt hàng, giao nhiệm vụ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác, theo giá tính đủ chi phí (gồm: Chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định); Nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí được để lại chi theo quy định của pháp luật phí và lệ phí; Nguồn thu từ hoạt động khác (nếu có); Nguồn ngân sách nhà nước cấp cho các nhiệm vụ không thường xuyên (nếu có); Nguồn vốn vay, viện trợ, tài trợ theo quy định của pháp luật và nguồn khác.
Sử dụng nguồn tài chính: Chi đầu tư từ Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp, nguồn vốn vay và các nguồn tài chính hợp pháp khác: Căn cứ nhu cầu đầu tư và khả năng cân đối các nguồn tài chính, đơn vị chủ động xây dựng danh mục các dự án đầu tư, báo cáo cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Trên cơ sở danh mục dự án đầu tư đã được phê duyệt, đơn vị quyết định dự án đầu tư, trong đó có các nội dung về quy mô, phương án xây dựng, tổng mức vốn, nguồn vốn, phân kỳ thời gian triển khai theo quy định của pháp luật về đầu tư; Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác được vay vốn tín dụng ưu đãi của Nhà nước hoặc được hỗ trợ lãi suất cho các dự án đầu tư sử dụng vốn vay của các tổ chức tín dụng theo quy định; Căn cứ yêu cầu phát triển của đơn vị, Nhà nước xem xét bố trí vốn cho các dự án đầu tư đang triển khai, các dự án đầu tư khác theo quyết định của cấp có thẩm quyền.
Chi thường xuyên: Đơn vị được chủ động sử dụng các nguồn tài chính giao tự chủ theo quy định để chi thường xuyên. Một số nội dung chi được quy định như sau: 1- Chi tiền lương: Đơn vị chi trả tiền lương theo lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, đơn vị tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ nguồn thu của đơn vị, ngân sách nhà nước không cấp bổ sung; 2- Chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý: Đối với các nội dung chi đã có định mức chi theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, căn cứ vào khả năng tài chính, đơn vị được quyết định mức chi cao hơn hoặc thấp hơn mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành và được quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị; Đối với các nội dung chưa có định mức chi theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền: Căn cứ tình hình thực tế, đơn vị xây dựng mức chi cho phù hợp theo quy chế chi tiêu nội bộ và chịu trách nhiệm về quyết định của mình; 3- Trích khấu hao tài sản cố định, số tiền trích khấu hao tài sản cố định được đầu tư, mua sắm từ nguồn ngân sách nhà nước hoặc có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước được bổ sung quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp của đơn vị (ngân sách nhà nước không cấp kinh phí mua sắm, sửa chữa lớn trang thiết bị, tài sản cho đơn vị). Số tiền trích khấu hao tài sản cố định được đầu tư, mua sắm từ nguồn vốn vay dùng để trả nợ; số còn lại bổ sung quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp của đơn vị.
Chi nhiệm vụ không thường xuyên: Đơn vị chi theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và pháp luật hiện hành đối với từng nguồn kinh phí (phần được để lại chi mua sắm, sửa chữa lớn tài sản, máy móc thiết bị phục vụ công việc thu phí và các khoản chi khác theo quyết định của cấp có thẩm quyền nếu có);
Đơn vị phải thực hiện đúng các quy định của Nhà nước về mức chi, tiêu chuẩn, định mức sử dụng xe ô tô; tiêu chuẩn, định mức về nhà làm việc; tiêu chuẩn, định mức trang bị điện thoại công vụ tại nhà riêng và điện thoại di động; chế độ công tác phí nước ngoài; chế độ tiếp khách nước ngoài và hội thảo quốc tế ở Việt Nam.
Tự chủ trong giao dịch tài chính
Mở tài khoản giao dịch: Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác được mở tài khoản tiền gửi tại ngân hàng thương mại hoặc Kho bạc Nhà nước để phản ánh các khoản thu, chi hoạt động dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng ngân sách nhà nước; Các khoản kinh phí thuộc ngân sách nhà nước, các khoản thu dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước, các khoản thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí, đơn vị mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước để phản ánh.
Vay vốn, huy động vốn: Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác có hoạt động dịch vụ được vay vốn của các tổ chức tín dụng, huy động vốn của cán bộ, viên chức trong đơn vị để đầu tư mở rộng và nâng cao chất lượng hoạt động sự nghiệp, tổ chức hoạt động dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ. Riêng các đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được vay vốn để đầu tư, xây dựng cơ sở vật chất theo quy. Khi thực hiện vay vốn, huy động vốn, đơn vị phải có phương án tài chính khả thi, tự chịu trách nhiệm trả nợ vay, cả gốc và lãi theo quy định; chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc vay vốn, huy động vốn và hiệu quả sử dụng vốn vay, vốn huy động.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 20 tháng 12 năm 2016. Các đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác đang được cấp có thẩm quyền giao cơ chế tài chính theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25 tháng 4 năm 2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập, thì tiếp tục được thực hiện đến hết năm 2016.